论文查重系统的工作原理主要分为两个步骤：预处理和比较。首先，系统会对论文进行预处理，包括去除标点符号、停用词等，以保留论文的核心内容。然后，系统会将处理后的论文与数据库中的其他论文进行比较，计算它们之间的相似度。如果相似度超过了设定的阈值，系统就会认为论文存在抄袭行为。

值得注意的是，论文查重系统并不能完全替代人工查重，仍需要专业人员进行审查。此外，为了避免系统误判，用户在使用论文查重系统时也需要注意一些细节，如避免使用过于常见的语句和模板，以及避免使用他人的论文作为参考文献等。